Рак предстательной железы
Физиология и генетика. Рак предстательной железы (РПЖ) - наиболее распространенная злокачественная опухоль у мужчин. С возрастом риск данного заболевания увеличивается: у мужчин моложе 40 лет - 1 на 10 000; в возрасте 60 лет - 1 на 100; в возрасте 75 лет - 1 на 8 человек.
Показания к анализу. Рак предстательной железы.
Клинические данные.
J. Gudmundsson et.al. проводили полногеномное исследование (GWAS) для определения влияния локуса 8q24 на риск развития рака предстательной железы у представителей европейской популяции (Исландия). Были проанализированы генотипы у 1453 человек с диагнозом РПЖ и у 3064 человек контрольной группы. Результаты работы для европейской популяции приведены в таблице:
N |
Название гена/локуса |
Аллель риска |
OR (аллель риска) |
P value |
1 |
Локус 8q24_Rl |
A |
1,71 |
< 0,001 |
2 |
Локус 8q24_R2 |
A |
1,8 |
< 0,001 |
Ch. A Haiman et.al. проводили полногеномные исследования в пяти различных популяциях. В работе анализировалось 2973 SNP у 7518 человек с диагнозом РПЖ и у группы контроля (афроамериканцы – 1614/837, азиаты- 722/728, гавайцы – 111/112, латиноамериканцы – 637/633, евроамериканцы – 1182/942). Была обнаружена достоверная связь между полиморфизмом T>G и риском развития РПЖ (OR (евроамериканцев) = 1,13, OR (афроамериканцев) = 1,43, в среднем для всех популяций без учета других маркеров OR = 1,18, P < 0,001).
M. Yeager et.al. проводили полногеномное исследование на представителях европейской популяции. Поиск молекулярно-генетических маркеров осуществлялся в пределах локуса 8q24. Выборка состояла из 1172 человек с диагнозом РПЖ и 1157 человек контроля (PLCO). Данные по результатам исследований приведены в таблицах. Результаты исследования для европейской популяции показаны в таблице:
N |
Название гена/локуса |
Аллель риска |
OR het |
OR hom |
P value |
1 |
Локус 8q24_Rl |
A |
1,42 |
2,78 |
< 0,001 |
2 |
Локус 8q24_R3 |
G |
1,40 |
1,73 |
< 0,001 |
G. Thomas et.al. продолжили полногеномное исследование (GWAS) для определения других локусов, отвечающих за развитие рака простаты. В первом исследовании ими было проанализировано 527 869 SNP у 1172 пациентов с РПЖ и у 1157 европейцев из контрольной группы. В следующем исследовании было проанализировано 26 958 SNP у 4020 пациентов и у 4028 контроля различных популяций. Кроме того, пациенты были разбиты на две группы: с агрессивной формой РПЖ и неагрессивной. Данные были собраны из четырех независимых выборок. Генотипирование осуществлялось на специально разработанных чипах iSelect Infinium assay (Illumina). Результаты исследования приведены в таблице:
N |
Название гена/локуса |
Аллель риска |
Неарессивная форма |
Агрессивная форма |
P value |
||
OR het |
OR hom |
OR het |
OR hom |
||||
1 |
С-концевой связывающий белок 2 |
C |
1,20 |
1,63 |
1,17 |
1,46 |
< 0,001 |
J. Gudmundsson et.al. провели полногеномное исследование представителей европейской популяции (Исландия). Выборка состояла из 1501 пациентов с РПЖ и 11 290 человек контроля. Для генотипирования использовали чипы Illumina Hap300. В результате обработки данных было выявлено два полиморфизма, находящихся в 17 хромосоме и связанных с риском развития РПЖ: G>A и T>G. Результаты исследования для представителей европейской популяции приведены в таблице:
N |
Название гена/локуса |
Аллель риска |
OR het |
OR hom |
P value |
1 |
Локус 17ql2-TCF2 |
A |
1,12 |
1,40 |
< 0,001 |
2 |
Локус 17q24.3 |
G |
1,35 |
1,33 |
< 0,001 |
J. Gudmundsson et.al. используя результаты полногеномного исследования, выявили ассоциацию полиморфизма A>G с риском развития РПЖ (OR = 1,13). Исследуемая выборка состояла из 1725 пациентов с диагнозом РПЖ и 35392 человек контроля. Для генотипирования использовали чипы Illumina 317K.
S. L. Zheng et.al. исследовали влияние полиморфных участков в локусе 11q13 на риск развития РПЖ. Выборка состояла из представителей европейской популяции (Швеция), в которую входили 2899 пациентов с РПЖ и 1722 человека контроля. В качестве кандидатных было выбрано 11 SNP из данного локуса. В результате была показана достоверная связь между полиморфизмом A>G и риском развития РПЖ (OR het = 1,16, OR hom = 1,42, P < 0,001).
J. Gudmundsson et.al. использовали полногеномные исследования рака простаты у 22918 исландцев (1854 больных и 21064 человека контроля), а также 15500 индивидуумов из Европы и США. Была показана связь полиморфизма G>A с риском развития РПЖ. Данные исследований приведены в таблице:
Название гена/локуса |
Аллель риска |
OR (аллель риска) для европейской популяции |
OR (аллель риска) для популяций Европы и США |
Локус 2pl5 |
A |
1,16 (P < 0,001) |
1,15 (P < 0,001) |
Сводная таблица по раку предстательной железы у представителей различных европейских популяций:
N |
Название гена/локуса |
Сокр. |
Полиморфизм |
OR минорного аллеля |
OR het |
OR hom |
1 |
Локус 8q24_Rl |
8q24_Rl |
C>A |
1,6 |
1,43 |
2,23 |
2 |
Локус 8q24_R3 |
8q24_R3 |
T>G |
|
1,26 |
1,58 |
3 |
Локус 8q24_R2 |
8q24_R2 |
C>A |
1,79 |
|
|
4 |
Локус 17q24.3 |
17q24.3 |
T>G |
|
1,33 |
1,45 |
5 |
Локус 17ql2-TCF2 |
17q12-TCF2 |
G>A |
|
1,23 |
1,48 |
6 |
Локус Ilql3 |
11ql3 |
A>G |
|
1,16 |
1,42 |
7 |
Локус 2pl5 |
2pl5 |
G>A |
1,16 |
|
|
8 |
С-концевой связывающий белок 2 |
CTBP2 |
T>C |
|
1,2 (1,17) |
1,63 (1,46) |
9 |
Локус JAZF1 |
JAZF1 |
A>G |
1,13 |
|
|